С 13 по 19 января 1990 года в Баку произошла крупная резня армянского населения. По причине своей национальной принадлежности местная 200 000 армянская община была подвергнута репрессиям, резне и изгнана из города.

Уже в течение 1988-1989 гг. все азербайджанские средства массовой информации, в особенности телевидение, были полны антиармянской агитации, что подготовило почву для резни армянского населения в столице Азербайджана. Народный фронт Азербайджана (НФА), где доминировало радикальное крыло, открыто призывал изгнать из города армян и занять их квартиры.

Январские погромы 1990 года в Баку были заранее подготовлены. Работа была проделана в нескольких направлениях. В частности, была развёрнута широкомасштабная антиармянская пропаганда в средствах массовой информации, инициатором и направляющим которой была азербайджанская интеллигенция. Выступая по телевидению и радио, многие представители азербайджанской интеллигенции подчёркивали, что армяне занимают важнейшие должности и лучшие квартиры в городе. Следующим важным компонентом механизма осуществления погромов была скоординированная работа сотрудников ЖЭК-ов, служб милиции и скорой помощи. Сотрудники ЖЭК-ов уточняли наличие зарегистрированных в городе армян по спискам продовольственных карточек. Была составлена карта города со всеми подробностями, разделённая на округи и кварталы, на которой были отмечены участки с компактным проживанием армян. Погромщикам помогали также правоохранительные органы, обеспечивая их безнаказанность. В свою очередь врачи скорой помощи выдавали поддельные врачебные справки, согласно которым причиной смерти армян были сердечно-сосудистые заболевания, а не насильственные действия.

13 января 1990 года погромы армян в Баку приняли всеобщий характер. В этот день город был полон митингующими, в частности на площади Ленина собралось от 70 000 до 100 000 человек, которые требовали отставки властей и расправы над армянами. Всё это происходило с ведома и при попустительстве руководителей СССР и Азербайджана. После митинга разделившаяся на группы толпа под руководством активистов НФА начала дом за домом «очищать» город от армян. Беженцы потом рассказывали, что существовала чёткая схема осуществления насилия: группа погромщиков, ворвавшись по указанным адресам в квартиры армян, начинала избиение и насильственные действия. Существует множество свидетельств о совершенных с исключительной жестокостью зверствах и убийствах. Армян выбрасывали из окон, забивали железными прутьями и ножами, насиловали женщин, многих сжигали заживо. Затем следовал визит членов НФА с так называемыми «законно оформленными» документами в квартиру. Погромщики предлагали армянину, владельцу квартиры, для спасения своей жизни немедленно отправиться в порт.

Во время трагических событий 1990 года в Баку на улицах, рабочих местах, в домах, в общественном транспорте сотни бакинских армян были подвергнуты избиениям и получили тяжёлые телесные повреждения. Большая часть депортированных были стариками, многие из которых, не выдержав жестоких побоев, унижений, огромных душевных потрясений, умерли по дороге или сразу после прибытия в больницы. Беженцы, добравшиеся на пароме до города Красноводска Туркменской ССР, самолетами были перевезены в Ереван. Это были избитые, в повязках старики. Волна насилия и армянских погромов перекинулась затем на русское население Баку, в частности на семьи военнослужащих, среди которых также были жертвы и множество раненых.

13-20 января 1990 года Баку был полностью во власти погромщиков, которые на глазах у милиции и внутренних войск совершали ужасное насилие. Руководство СССР не вмешивалось в эти события, хотя в городе было достаточно военных подразделений и внутренних войск МВД СССР, которые могли бы быстро навести порядок. Серьёзность положения диктовала необходимость введения комендантского часа для установления порядка, однако центральные власти медлили. Убийства и грабежи продолжались вплоть до 20 января, когда под предлогом «восстановления» порядка советские войска вошли в город. Для сохранения в Баку советской власти М. Горбачёв подписал указ о введении чрезвычайного положения. Исполнение указа было возложено на командующего воздушно-десантной дивизией ВС СССР А. Лебедя. После ввода войск было оказано сопротивление, в результате которого погибли около 150 азербайджанцев, а также солдаты и случайные прохожие.

Точное число жертв армянских погромов, организованных в Баку, еще не установлено. По мнению ряда исследователей, это число превышает 400. В результате, армянское население Баку было вынуждено покинуть город. Исключение составляют лишь живущие в смешанном браке армяне, число которых достигает нескольких сот человек.

Погромы Баку нашли отражение в ряде европейских и американских СМИ. 18 января группа сенаторов направила совместное письмо М. Горбачёву, в котором выразила беспокойство по поводу армянских погромов в Баку.

29 марта 1990 года было проведено закрытое заседание Верховного Совета СССР посвященное произошедшим в Баку событиям. Азербайджанская делегация потребовала создать комиссию для расследования подробностей введения войск в Баку и оценки их действий. В ответ на это министр обороны Д. Язов, министр внутренних дел В. Бакатин, глава КГБ В. Крючков рассказали присутствующим подробности погромов, представив такие сведения о резне, которые не были отражены в прессе. Ускорившийся процесс распада СССР помешал доведению до конца расследованию дела о резне армянского населения Баку.

Погромы армян в январе 1990 года были осуждены Европарламентом и Конгрессом США, но так и не получили правовой оценки, а понесенные потери не были компенсированы.